“回想2003年沒有mNGS技術(shù)的時候，我們認(rèn)識SARS冠狀病毒需要5—6個月，而現(xiàn)在認(rèn)知新冠病毒，國內(nèi)科學(xué)家只用了很短時間。”5月8日，復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院感染科主任張文宏教授在第三屆感染性疾病精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)高峰論壇上表示，認(rèn)知新發(fā)病原體，新技術(shù)起到了重要的作用。

“在國家傳染病防治重大科技專項支持的平臺基礎(chǔ)上，基于二代測序的mNGS技術(shù)，中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院團(tuán)隊用了約50個小時就從不明原因肺炎樣本中獲得了新冠病毒全基因組序列，與其他兄弟單位共同確認(rèn)新冠病毒是導(dǎo)致疫情的病原。”中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院副院校長王健偉教授表示，新技術(shù)找到了新冠病毒，新冠疫情也促進(jìn)了新技術(shù)的應(yīng)用發(fā)展，未來應(yīng)推進(jìn)新技術(shù)在精準(zhǔn)診斷、遏制耐藥、防控新發(fā)病原等方面持續(xù)發(fā)力。

mNGS究竟是啥?

如何讓識別新發(fā)病原體的速度好比坐上了飛機(jī)?

普通人用上它了嗎?

它讓感染治療從“炮轟”到“狙擊”

“在沒有新技術(shù)之前，如果遇到嚴(yán)重的感染中毒癥，往往是各種抗感染的藥物一起上。”張文宏說，因為傳統(tǒng)技術(shù)時常給不出明確的感染病原信息。

“炮轟”式的操作難有針對性，難以有效壓住感染，反而容易導(dǎo)致細(xì)菌的耐藥性。

“炮轟”不行，能不能“狙擊”?

2014年6月，《新英格蘭雜志》上的論文記載了一場成功的“狙擊”——

一例不明原因的腦膜炎，用盡各種治療手段未果，但在使用mNGS后，明確了病原體為致病性鉤端螺旋體，改用幾毛錢成本的青霉素治療，患者獲救。

這一戰(zhàn)名聲大噪。mNGS就是宏基因組測序技術(shù)，通過全面分析患者樣本中微生物和遺傳物質(zhì)(包括DNA和RNA)，識別“壞分子”，實現(xiàn)感染性疾病的精準(zhǔn)治療。

“它無需事先了解預(yù)期的病原體，能夠同時檢測大量的微生物。”張文宏總結(jié)，mNGS擁有辨新、海量篩查病原體等多項優(yōu)勢。

它的正確解讀仍需“立規(guī)矩”

“這個方法很靈敏，就更需要警惕會不會搞錯。”王健偉指出，因為方法足夠靈敏，很細(xì)小的過程偏差也會反映到輸出的結(jié)果上，例如環(huán)境污染、生物信息分析偏差甚至軟件算法等造成的差異，也會導(dǎo)致對單個堿基的解讀完全不同。

如何正確解讀宏基因組測序所給出的證據(jù)，以指導(dǎo)臨床實踐，成為實現(xiàn)感染性疾病精準(zhǔn)診斷的重點之一。

“解讀包括mNGS的臨床規(guī)范、報告的理解等多個階段的問題。”國家衛(wèi)生健康委全國真菌病監(jiān)測網(wǎng)國家中心主任、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)院檢驗科主任徐英春表示，規(guī)范的建立是為了把mNGS技術(shù)在臨床上用好。

據(jù)介紹，國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗中心今年開展了首次mNGS技術(shù)室間質(zhì)評，全國包括第三方實驗室在內(nèi)的約90家實驗室參與，在面對復(fù)雜的鑒別考卷時，只有5家實驗室獲得滿分。

“從臨床規(guī)范來講，mNGS行業(yè)仍需要通過相關(guān)部門的引導(dǎo)來推進(jìn)標(biāo)準(zhǔn)化和質(zhì)量可控性，這一點對于臨床非常重要。”在室間質(zhì)評中獲得滿分的微遠(yuǎn)基因的創(chuàng)始人、首席執(zhí)行官李永軍表示，后續(xù)將通過技術(shù)創(chuàng)新實現(xiàn)醫(yī)院實驗室內(nèi)mNGS設(shè)備的自動化，以增加檢測效能，并滿足標(biāo)準(zhǔn)化等要求。

它現(xiàn)在普及了嗎?

10年前，一個宏基因組檢測的成本約為十幾萬元左右，而今已經(jīng)下降到數(shù)千元級別。隨著成本大幅下降，宏基因組測序已逐步應(yīng)用于重癥患者的病原學(xué)診斷中。

“目前，絕大多數(shù)醫(yī)院未建立自有平臺，而是借助第三方服務(wù)。從臨床需求來看，醫(yī)院自建實驗室和第三方提供檢測服務(wù)都在發(fā)展。”中華醫(yī)學(xué)會重癥分會副主任委員、中國醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科馬曉春主任表示，從目前mNGS技術(shù)使用反饋結(jié)果來看，整體的質(zhì)量把控和臨床效果有利于患者診療。

如何能讓新技術(shù)為老百姓服務(wù)好、服務(wù)對?

馬曉春提醒，現(xiàn)在這一行業(yè)發(fā)展仍處于發(fā)展初期，提供服務(wù)的企業(yè)較多，應(yīng)加緊制定系統(tǒng)化、規(guī)范化的標(biāo)準(zhǔn)，以利于市場整體的發(fā)展成熟和臨床診療的正確實施。此外，該技術(shù)目前并未納入醫(yī)保，在后續(xù)技術(shù)、體系成熟的基礎(chǔ)上，通過規(guī)劃將其納入整體醫(yī)療體系當(dāng)中，才能使它更好地服務(wù)于人民生命健康。

關(guān)鍵詞： 宏基因 發(fā)病原體 速度 飛機(jī)